A autoria do projeto original é de Aleijadinho, comprovada pelo risco existente no Museu da Inconfidência de Ouro Preto. Durante o decorrer das obras, o mestre responsável, Francisco de Lima Cerqueira, fez uma série de mudanças no projeto original, que, entre outras medidas, incluíram: alteração das pilastras do arco-cruzeiro, modificação do desenho dos óculos da nave, substituição das torres oitavadas e alteração da posição original da sacristia. Francisco de Lima Cerqueira concluiu seus trabalhos na igreja em 1804, tendo sido executadas até então as obras da capela-mor com o respectivo retábulo, nave, sacristia e demais obras menores, sabendo-se que a capela-mor, datada de 1781, contou com a participação do mestre Francisco de Lima e Silva.
Em 1809, o acabamento da torre (empena) e do coro (arco) ficou sob a responsabilidade do mestre Aniceto de Souza Lopes, a quem se atribui também a execução dos baixos relevos do frontão e do medalhão da portada.
A igreja apresenta fachada de autoria de Antônio Francisco Lisboa, onde percebem-se as características das obras do mestre, principalmente na rica composição da portada, com destaque para as magníficas talhas que se organizam em elegante desenho. Contando com um magnífico interior, merecem especial destaque o conjunto de talhas da capela-mor, os seis altares da nave e os púlpitos, dentre outros, apresentando nítida influência da escola de Antônio Francisco Lisboa. As intervenções do mestre incluem o risco dos retábulos (de influência de D.João V até aos do gosto rococó), bem como uma imagem de São João Evangelista. localizada na sacristia. Chama a atenção a composição em relevo da Santíssima Trindade como solução do fecho do retábulo da capela-mor, aproximando este retábulo do de São Francisco de Assis de Ouro Preto.
A partir da criação da Vila em 1713, São João del Rei cresceu, tanto em importância dentro da região das Minas (sendo inclusive escolhida para a sede da nova Comarca do Rio das Mortes, criada em 1714), quanto em espaço urbano, ganhando, até a metade do século XVIII, expressivas edificações civis e religiosas, que funcionavam como fatores de polarização de novas construções. Surgiram nessa época a Igreja do Rosário, a nova Matriz do Pilar, a Igreja do Carmo, Mercês e a Igreja de São Francisco de Assis, cuja construção remonta ao ano de 1749.
Fonte: Iphan.
