No confessionário, Padre Pio dizia coisas como:

Igreja

“Por que vendeste tua alma ao Diabo?… Que irresponsável!… Estás no caminho do Inferno!… Homem negligente, ide primeiro arrepender-se, e então voltes aqui”.

Uma pessoa durante a confissão pôs em dúvida a existência do Inferno. Padre Pio respondeu: “Você acreditará quando chegar lá”.

Padre Pio considerava a ida frequente à confissão algo necessário para o crescimento na vida espiritual. Ele se confessava ao menos uma vez por semana, e não deixava que seus filhos espirituais ficassem sem confissão por mais de dez dias.

Uma vez foi perguntado a Padre Pio: “Confessamos tudo que pudemos recordar ou conhecer, porém é possível que Deus veja outras coisas que não pudemos lembrar?”. Ele respondeu: “Se pusemos em nossa confissão toda a nossa boa vontade e se tivemos a intenção de confessar [todos os pecados mortais… tudo que pudemos recordar ou conhecer – a misericórdia de Deus é tão grande que Ele incluirá e apagará também o que não pudemos recordar ou conhecer”.

Por esta razão, deve ser dito ao final de uma confissão: “… e confesso todos os pecados que tenho esquecidos e não mencionei nesta confissão”.