Carlos nasceu em Arona, próximo de Milão, a 2 de outubro de 1538. O pai era o conde Gilberto Borromeu e a mãe era Margarida de Médicis, a mesma casa da nobreza de grande influência na sociedade e na Igreja.
Carlos era o segundo filho do casal, e aos doze anos a família o entregou para servir a Deus, como era hábito na época. Diplomou-se aos vinte e um anos de idade em Direito Canônico, e aos vinte e quatro anos recebeu as ordens do sacerdócio e do episcopado, levando a partir de então uma conduta acentuadamente piedosa e ascética. Como Bispo de Milão, colocou em prática, de forma admirável e exemplar, os decretos do Concílio de Trento (1545) visando a reforma da Igreja que, naquela época (e também hoje em dia), devia começar pelos próprios bispos e padres, desorientados pelas seduções mundanas.
Assim destacou-se pela sua missão pastoral, assombrosa na sua vastidão e profundidade: promoveu vários sínodos diocesanos e concílios provinciais, visitou as mais de mil paróquias da sua diocese, foi visitador apostólico nas 15 dioceses sufragâneas de Milão, visitou regiões da Suíça ameaçadas por heresias; incentivou o dever da residência dos vigários, foi o primeiro Bispo a fundar, segundo o Concílio, seminários para a formação de sacerdotes; favoreceu a criação de escolas, a boa imprensa e, sobretudo, a formação catequética dos fiéis, bem como a elevação moral dos costumes.
Destacou-se também na extraordinária caridade, especialmente durante a peste de 1576 que duramente assolou Milão. Faleceu aos 46 anos, esgotado pelas fadigas das suas incansáveis atividades pastorais.
São Carlos Borromeu, rogai por nós!
