Margarida nasceu em 1254. Era filha de Odon Colonna e de uma piedosa mulher da família dos Orsini. Órfã de pai, pouco depois de ter nascido, foi educada pela mãe até perto dos dez anos, quando, então, também a perdeu.
Sob a tutela do irmão, João, o mais velho dos filhos de Odon, cresceu na piedade. João, quando a viu em idade de casar-se, tratou de lhe arranjar um bom partido.
Margarida, que prometera viver na castidade, recusou consorciar-se. E, sustentada por Tiago, outro irmão, que terminara o curso na universidade de Bolonha, e, mais tarde, por uma aparição da Virgem, retirou-se a um convento de clarissas, em Castel San Pietro.
Ali, tomou o hábito. Enfermiça, de saúde sempre abalada, Margarida levou vida penitente e apagada. Depois duma segunda aparição de Nossa Senhora, atacada de úlcera que jamais se curou, e de ter recebido, sob a figura de peregrinos, a Jesus e a São João Batista, a bem-aventurada Margarida Colona, com vinte e seis anos, faleceu.
Honório IV, a uma solicitação de Tiago Colona, agora cardeal, doou às clarissas o mosteiro de São Silvestre in Capite de Roma. Para aquela casa, seguiram as relíquias da bem-aventurada Margarida, que permanecera sepultada em Castel San Pietro de 1280 até o ano da transferência, 1285.
Pio IX, a 17 de setembro de 1847, confirmou-lhe o culto.
